format di due hd con s.o. diversi

Ciao raga, grazie per aver dato una mano a tutti noi con questo sito memorabile, eccomi al dunque, il mio problema è questo, nel mio pc ho due hd il primo master vi è il sistema operativo win xp e nel secondo slave vi è win 98s.e.

Per un problema che ho nel primo hd, sono costretto a formattarlo per creare una partizione diversa da quella che uso, per poi reinstallare win xp, vi chiedo:

devo scollegare dall'alimentatore il secondo hd in modo che non si creano casini, o è possibile lasciarlo collegato  con tutti i cavi di rito?

Grazie per la vostra risposta, ciao.