La SMART non è una cosa che si corregge, è solo un sistema di identificazione predittiva del danneggiamento di un disco.
Per i cluster danneggiati il comando CHKDSK /R fa proprio questo lavoro, marcandoli come non utilizzabili quando fisicamente rovinati e ripristinandoli quando l'errore è di tipo logico, ovvero non fisico. Pertanto la cosa migliore che puoi fare è lanciare questo comando e farlo terminare, direttamente dal prompt dei comandi come amministratore, quando vuoi tu.
Se vuoi puoi aprire una shell di DOS anche durante l'installazione di windows come sai, dove si, la funzione format esiste, ma non puoi formattare l'unità sulla quale stai lavorando, per cui anche all'eventuale lancio del comando questo prenderebbe forma esecutiva al riavvio...
Insomma per la salute del disco basta il comando CHKDSK e per la formattazione ormai non è più necessario ogni volta fare quella lenta, quindi puoi fare tutto da comodi programmi pensati per queste funzionalità lanciati dal sistema operarativo.