Certamente, puoi esportare i segnalibri da firefox in windows, ed importarli in firefox su ubuntu. per le estensioni puoi utilizzare l'estensione "FEBE",
http://www.extenzilla.org/scheda_estensione.php?id=625, che ti permette un backup e restor globale delle impostazioni di firefox.
E' anche possibile condividere firefox tra win e linux ad es. seguendo questa guida
http://dioz.wordpress.com/2007/01/31/mozilla-condividere-i-dati-tra-win-e-linux/,o tutte quelle che si trovano cercando su un motore di ricerca.