Ciao,
Il formato FLAC è sicuramente migliore in quanto è un formato LossLess, ovvero senza perdita di qualità, mentre il formato MP3 è un file che per via della compressione risulta in un audio con perdita di qualità.
Ne consegue che i FLAC sono molto più ingombranti rispetto agli MP3 perché i dati al proprio interno sono praticamente senza alcuna compressione e mantengono in sostanza la qualità audio originale.
Passare da MP3 seppure a 320 k di qualità quindi ti porta comunque a perdita di qualità, inutile poi ritrasformarli in formato FLAC.
Per l'uso dipende da te e da come ascolti la musica, in quanto se non hai un sistema buono probabilmente non ti accorgi nemmeno della differenza tra FLAC e MP3....se senti in cuffia o con impianto serio invece ti accorgi della differenza...