Su Windows non ci possono essere più unità (o partizioni) identificate con la stessa lettera, questo è il motivo per cui, se metti un disco clonato da quello del sistema principale, ti è stata assegnata la lettera J...evidentemente le altre prima erano già occupate.
I due sistemi di per se, nel caso da te indicato, sono uguali in quanto uno deriva dalla clonazione dell'altro, ma non possono certo essere usati insieme... il bios assegna ad un solo disco la priorità di lettura e li cerca il sistema operativo...se lo trova lo esegue e da quel momento tutto quello che fai passa per il sistema operativo di QUEL disco... l'altro viene visto come un disco aggiuntivo, pur portando al suo interno una partizione di windows identica all'altro disco.
Come ti avevo detto quindi, sul tuo computer dovresti tenere un solo disco contenente il sistema operativo e dedicare l'altro ad altri scopi come il backup dei dati o altro.
I softwares poi sono generalmente programmati per salvare i dati di lavoro all'interno del disco dove sta la partizione di windows, per cui se parti con il disco SSD come disco di sistema, tutti i dati vengono salvati in una cartella di questo disco.
Venendo alla questione della cancellazione del disco SSD o di qualunque altro disco, puoi farlo con l'utility interna fornita dal produttore o con Windows andando semplicemente a formattarlo... o con altri programmi dedicati... l'importante è che non si tratti del disco usato in quel momento come disco di sistema, altrimenti non te lo fa fare, è ovvio... Windows non può suicidarsi e ti blocca in tal caso.
Ora...anche se comincio a non capire più a cosa miri visto che l'SSD avevo capito che lo usavi come disco di sistema attivo... cerca di non incaponirti con tutte queste clonazioni che alla fine sono superflue...quando ne hai fatta una su un disco che metti via sei a posto.