Scusami se sono sparito, ma ho avuto da fare.
Venendo a te:
1) Magari dopo la scansione e ripristino del disco locale C, qualcosa sia andato a posto, altrimenti non si spiega il miglioramento, anche se dici che pur essendosi avviato molto più velocemente ad un certo punto comunque risultava lento.
2) Allora, io ti consigliavo un SSD da 500GB perché i prezzi di quelli di taglia superiore non sono proprio economici. Per quanto riguarda il disco secondario, beh, io preferirei due dischi da 1TB che uno da 2TB, se mi saltasse un disco ho sempre l'altro, se mi saltasse quello da 2 mi taglierei i gioielli :P
3) Quello che ti consigliavo io era:
3.2) Una volta fatta la formattazione sopra descritta, installare una copia pulita di Windows 8.1
3.3) Usare per un po' il sistema così, SENZA ripristinare le immagini di Acronis.
In questo modo puoi vedere la velocità del sistema (ex novo) potendo così confrontarlo con quello che ti ritrovi ora (ovvero il sistema ripristinato dell'immagine di Acronis)
Se vedi che va decisamente meglio, il problema, come dicevo, potrebbe risiedere nell'immagine di Acronis.
Quando avrai il disco nuovo, molto probabilmente andrà formattato per creare (se non è presente) la tabella delle partizioni.
Anche se ci sta (questo non lo so, non ho mai fatto una cosa del genere) al momento del ripristino dell'immagine sul nuovo disco, Acronis formatti il nuovo supporto. Questo davvero non lo so.
Qui ti lascio un link utile al tuo caso per il momento in cui andrai a fare la migrazione ->
Fammi sapere