Ciao, ti sei spiegato benone...
Per unire i files in uno solo devi utilizzare un programma di video-editing (montaggio video) che di per se non è mai semplicissimo ma per un uso di questo tipo con poco impegno impari senza problemi.
Un esempio lo puoi trovare qui:
AVS Video editing ma purtroppo non è gratuito...sicuramente ce ne sono ma io non sono esperto in materia.
In pratica tutto il lavoro sta nel processo di video-editing...da li poi avrai i tuoi files, uniti come vuoi, con gli intermezzi che preferisci e suddivisi a tuo piacimento.