Nella cartella di emule, nella sottocartella "incoming" vengono salvati tutti i downloads completi. Per abbassare lo spazio occupato li devi togliere da li.
Ancora, nella cartella TEMP di emule vengono salvate tutte quelle parti dei file che sono ancora in corso di download, quindi lo spazio occupato può essere quello che dici tu. Chiaramente varia a seconda delle dimensioni di quello che scarichi.