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Il controllo è necessario perchè qualcosa non quadra nel file system del disco C:, che è quello principale...
Quando ti chiede di farlo dovresti farlo ma per evitare facciamo insieme una cosa più in grande stile...
Vai su START-->ESEGUI e digita il seguente comando
CHKDSK /Re premi invio
Se ci sono dei danni al disco o al file system saranno recuperati.... il comando dura un bel po' ma ti conviene lanciarlo...
...alla fine ti dice se sono stati trovati degli errori e se sono stati risolti....
P.S. attenzione a lasciare penne usb collegate durante l'avvio perchè questo messaggio può comparire anche in questo caso dove è sufficiente rimuovere la periferica prima dell'avvio della macchina.