Si può fare ma il tuo problema è che ce l'hai danneggiato (a quanto dici) nel CD di installazione, per cui o provi a trovare altri CD di installazione esenti da questo difetto oppure formatti tutto perchè c'è qualche casino nei tuoi files ed è difficile capire dove sta...
Altra opzione, come tu stesso dici, è provare a sostituire il file vga.sys che hai nel tuo pc a mano....
...per fare cio' prova cosi....estrai tutti i files del CD di installazione in una cartella a tua scelta...
Cerca i files vga.sys oppure vga.sy_.....se trovi il primo, cioè vga.sys prova a sostituirlo a quello che hai nel pc...
Tieni presente comunque che in questi casi il problema potrebbe anche essere la RAM che legge male alcuni blocchi di dati e li da per mancanti...se hai più stecche di ram prova ad usarle una sola per volta e vedi se ti prosegue....altri utenti hanno risolto cosi...
Ti segnalo inoltre questo articolo come aiuto
http://support.microsoft.com/kb/293410/it