Ciao, per info sui cookies ti rimando a questo nostro articolo
Quello che hai fatto è semplicemente cancellare alcuni files di testo che memorizzano per conto del browser alcune piccole informazioni che è utile memorizzare per facilitare chi naviga...è solo uno dei vari metodi utilizzati per memorizzare informazioni su chi naviga...
Cancellandoli il peggio che può succedere è che devi reinserire i dati di login in alcuni siti o altri tipi di dato ma niente che non venga riscritto successivamente al prossimo inserimento...
Tramite ccleaner hai la possibilità di escludere questi cookies dalla pulizia oppure lasciarli tra le cose da pulire....
Puoi operare indistintamente, cambia veramente poco come già detto.