Si tratta di due DBMS (Database relazionali) molto diversi...
MS SQL Server è di Microsoft ed è a pagamento....è molto robusto, più di MySQL in quanto diciamo che tiene una quantità di dati superiore....ed è sul campo da più tempo
MySQL è invece un database che nasce come open source, velocissimo e meno costoso quando lo si acquista su uno spazio web....
Non vado nel dettaglio delle differenze, semmai chiedi se vuoi sapere qualcosa di specifico...
Il nostro sito gira su MySQL se ti può interessare.