Per fare bene dovresti collegarlo nel suo alloggiamento finale, ovvero direttamente alla scheda madre.... è cosi che potrai andare a vedere dal BIOS se viene riconosciuto.
In ogni caso dopo la clonazione, senza farsi tanti problemi, togli il disco dove c'era il sistema operativo, metti il nuovo SSD con il sistema clonato e provi... nella peggiore delle ipotesi non devi fare altro che rimontare il vecchio disco e sei nella condizione di prima.
Non credo che avrai problemi nel riconoscimento, qualche problema invece lo potresti avere nel clonare correttamente il disco, specie se windows conviveva con un sistema linux installato.
Ti consiglio, dato che mi parli di un disco Samsung, di leggerti questo documento relativo all'utility messa a disposizione della casa coreana per queste finalità.
Riporto un piccolo pezzetto di quello che si legge nell'introduzione:
Il software Samsung Data Migration è progettato per consentire agli utenti di eseguire in modo rapido e semplice la migrazione di tutti i dati, inclusi il sistema operativo corrente, il software delle applicazioni e i dati utente, da un dispositivo di memorizzazione esistente (ad esempio HDD) al proprio dispositivo Samsung SSD.Questo software è stato sviluppato ed è distribuito esclusivamente per i proprietari di unità Samsung Solid State Drive (SSD).